Загальні збори Південноукраїнської організації «Центр філологічних досліджень» – вищий орган організації, який обирає склад Правління та Голову організації та затверджує довгостроковий план діяльності організації. Загальні збори визначають пріоритетні напрямки діяльності та затверджують річний звіт Голови організації та річний план діяльності організації, програми розвитку окремих напрямків діяльності.

Правління Південноукраїнської організації «Центр філологічних досліджень» – колегіальний орган організації, який функціонує між Загальними зборами, що безпосередньо опікується розвитком організації, розробляє тактичні плани діяльності, контролює стан реалізації довгострокових проектів та координує роботу структурних підрозділів організації.

Голова Південноукраїнської організації «Центр філологічних досліджень» – особа, яка очолює організацію та уповноважений представляти інтереси організації у зносинах з представниками органів держаної влади, місцевого самоврядування та інших громадських організацій. Голова організації координує роботу Правління організації та безпосередньо відповідає за розвиток організації перед Загальними Зборами.